Program Studi Pastoral Konseling di IAKN Ambon memiliki sejarah panjang yang dimulai sejak lembaga ini masih bernama Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri (STAKPN) Ambon. Pada awalnya, STAKPN Ambon memiliki empat jurusan, salah satunya adalah Jurusan Pastoral Konseling yang dibentuk bersamaan dengan pendirian STAKPN pada tahun 1999 melalui Keputusan Presiden RI Nomor 19 Tahun 1999.

Sebelum berubah menjadi STAKPN Ambon, lembaga ini mengalami serangkaian transformasi. Bermula pada tahun 1973 sebagai Sekolah Pendidikan Guru Agama Kristen (PGAK), kemudian beralih ke Lembaga Pendidikan Tenaga Keguruan (LPTK) pada 1993, hingga akhirnya menjadi Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen Protestan Negeri Ambon (APGAKPN) pada 1996. Dengan adanya perubahan status ini, Jurusan Pastoral Konseling mulai dikenal sebagai bagian integral dari lembaga pendidikan tinggi tersebut.

Dalam perkembangan selanjutnya, pada tahun 2018, STAKPN Ambon berubah status menjadi Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon, dengan Program Studi Pastoral Konseling berada di bawah Fakultas Ilmu Sosial Keagamaan. Program studi ini berkembang pesat dengan tujuan utama melayani kebutuhan masyarakat Maluku, khususnya dalam menghadapi permasalahan sosial dan krisis, serta memperkuat layanan konseling berbasis nilai-nilai keagamaan.

Seiring berjalannya waktu, Program Studi Pastoral Konseling terus berupaya meningkatkan kualitas akademik dan layanannya, termasuk dengan meraih akreditasi “B” pada tahun 2020 dan terus memperbaiki kualitas melalui berbagai inisiatif, termasuk penguatan jaringan kerja sama dan peningkatan mutu pengajaran. Kini, PS Pastoral Konseling IAKN Ambon menjadi satu-satunya program studi di Maluku yang menawarkan pendidikan pastoral konseling dengan pendekatan berbasis teologi Kristen.